Türkiye Futbol Federasyonunun internet sitesinde turuncu-lacivertli kulübün 2019-2020 sezonunda kadrosuna dahil ettiği Skrtel ile 12 Ocak tarihi itibarıyla sözleşmeyi karşılıklı sona erdirdiği bilgisi yer aldı.
Medipol Başakşehir formasıyla 2019-2020 sezonunda 20 Süper Lig maçına çıkan Slovak oyuncu, ilk sezonunda şampiyonluk sevinci yaşadı. Skrtel, ayrıca söz konusu sezonda 8 Avrupa ve bir Ziraat Türkiye Kupası maçına çıktı.
Bu sezon 10 lig ve 5 Şampiyonlar Ligi maçında görev alan Skrtel, Süper Lig’de Kasımpaşa ile oynanan maçta sol ayak aşil tendonunun kopması nedeniyle ameliyat edilmişti.